Le stage d'été a lieu juste avant la rentrée scolaire. En 2012, il a accueilli dans l'Internat d'Excellence de Montpellier 67 élèves pendant dix jours. La moitié d'entre eux étaient en fin de première, la moyenne d'âge était 15 ans 7 mois. Les élèves étaient hébergés en chambresà trois lits, avec une salle d'eau (lavabos, WC et deux douches) pour deux chambres voisines. Les draps sont fournis. Les réfectoire fonctionne en self-service.
La première journée consiste en une présentation du stage et la répartition des élèves dans les différents groupes, sur la base d'entretiens individuels avec les différents enseignants. Puis suivent trois périodes de trois jours : pour quatre groupes en parallèle, trois heures de cours le matin et trois heures l'après-midi les deux premiers jours de chaque période, un test le matin du troisième jour, suivi d'une après-midi de détente (excursion…). Certains soirs, une conférence culturelle est prévue à 20 h 30.
En dehors des cours (9 h à 12 h et 14 h à 17 h), conférences, repas (petit-déjeuner 8 h, déjeuner 12 h 30, dîner 19 h), les élèves peuvent encore faire des maths, consulter la bibliothèque ou s'attaquer à la muraille d'exercices affichés toute la semaine, mais ils peuvent aussi jouer aux cartes par exemple. Ils doivent être couchés au plus tard à 23 h 30, sauf le dernier soir, traditionnellement soirée libre. Le départ est prévu vers midi, après une grasse matinée et un brunch, et la distribution du polycopié du stage.